宇宙世紀０１２３。フロンティア・サイドに突如として侵攻した謎の軍隊クロスボーン・バンガードは、またたく間に地球連邦軍を席巻、独立国家コスモ・バビロニア建国を宣言した。クロスボーン・バンガードの目的は、宇宙時代にみあったコスモ貴族主義を実践することにより、地球圏に新たな秩序を築きあげることであった。突然の戦闘のなか、ロナ家の血をひく少女セシリーと、新型モビルスーツの開発スタッフを母にもつ少年シーブックは、数奇な運命にみちびかれてゆくー。大人気「ガンダムＦ９１」の後編、ついに登場。