二〇一四年七月二四日。東京都指定の史跡「切支丹屋敷跡」で三体の人骨が発見された。そのうちの一体は、新井白石が尋問し、藤沢周平が『市塵』に描いた江戸中期の宣教師、シドッチ（一六六八〜一七一四）ではないか？三〇〇年の時を経た鑑定が、国立科学博物館ではじまった。最先端の科学をもってすれば、この謎は解明できるのか？スリリングな二年数カ月を克明に描く。