江戸末期、万次は坂本龍馬と共に京を訪れる。待ち構えていたのは「逸番隊」なる裏の部隊を操る新選組だった。池田屋の戦いを経て、攘夷派の勢いは失速。龍馬は倒幕の決意を万次に伝え、「幕末四大人斬り」の一人である河上彦斎と共に京に潜んだ。そのころ逸番隊は、岡田以蔵の偽者を用いて万次らをおびき寄せる計画を立案。のみならず、不死身の怪物へと転生させた芹沢鴨の出撃準備を整えていた。両陣営が天王山の地で激突する！