ヨーロッパから日本にやってきた少年ルイスとそのメイド、ネピア。２人は和算一関流の密法を狙って、その使い手、佐藤玲に接近する。ルイスに対し絶対服従を誓うネピアに玲は違和感を感じ、従妹で幼なじみの鈴音凛に怪しまれながらも、その秘密に迫ろうとする。そこにルイスとネピアを追う、危険な組織「薔薇十字団」が現れて…。算法の秘術は真実の愛を救えるか。