1948年に発表された小松崎茂原作の空想科学絵物語を、気鋭スタッフが結集してアニメ化。世界各地で謎の怪事件が続発するなか、特殊捜査隊“迷宮機関”が設立された。彼らと行動をともにすることになった、2人の少年の活躍を描く。