メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ
医学・生物学の研究や創薬などの産業応用に役立つメタゲノムデータの解析法を,料理のレシピ本のようにわかりやすく解説.共生菌も環境微生物も,菌叢の組成も機能も,PCひとつでLet's cook!
Chapter 1 メタゲノムデータ解析に必要なコンピュータリテラシー
レシピの例…
・Dockerで安定的にツールを実行できる仮想環境を構築する
・解析ごとに必要な演算能力にあわせてクラウドを活用する
Chapter 2 細菌叢の組成を調べるー -16Sアンプリコン解析
レシピの例…
・QIIME2で系統組成、占有率、多様性を解析する
・公共データの系統組成をウェブツールで手軽に可視化する
Chapter 3 細菌叢の機能にまでふみこむー -ショットガン解析
レシピの例…
・MAG(Metagenome-Assembled Genome)を構築し種レベルの系統組成を解析する
・機能アノテーションを行い系統組成の生物学的意義を考察する
Chapter 4 解析したデータを共有・利用する
レシピの例…
・論文投稿のためNGSデータを登録する
・特定のキーワードで公共データを横断検索する
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