イネの出穂前後から発病し、その収量や品質に大きく影響する紋枯病・赤色菌核病・褐色菌核病などの各種菌核病について、研究史と病原菌の特徴をみたうえで、わが国における菌核病の発生実態・発生様相を解説する。引き続いて、病原菌の菌種内多様性を考慮して病原菌の水田内および近隣水田間移動を記し、イネ体上での菌核病発生に対する水田雑草の寄与について紹介する。さらに、菌核病の各種防除法および伝染環についても詳述する。