ハルコンネン男爵の策謀によって、アトレイデス公爵は不慮の死をとげ再度、アラキスは男爵の手に落ちてしまう。公爵の世継ぎポールは、巨大な砂蟲が跋扈する危険な砂漠へ母ジェシカとともに逃れ、砂漠の民フレメンの中に身を隠すことになる。しかしこの過酷な環境と香料メランジの大量摂取が、時間と空間を果てしなく見通す超常能力をポールにもたらす。彼はフレメンの伝説の救世主ムアッディブとして歩みだすことに！