キョートを牛耳るザイバツが運営する地下格闘トーナメント 「シャドー・コン」に潜入すべくニンジャスレイヤーは、 落ちぶれた道場主、モミジ・ヤンガの下を訪れる。 だがニンジャスレイヤーの目的は、トーナメントの優勝ではなく、 師の仇、サラマンダーの下から師の孫娘、ドラゴン・ユカノを救出することだった。 ザイバツのグランドマスターでもあるサラマンダーに近づくには、 シャドー・コンにて優勝し、優勝杯を授与されるその時しかない！ 一回戦でランバージャックを、二回戦でモーターナガサマを圧倒したニンジャスレイヤー。 そうして迎えた決勝戦、対戦相手はサラマンダーの部下、ミラーシェード。 ニンジャスレイヤーが暗黒カラテ、カポエイラのアルマーダ・マテーロを繰り出せば、ミラーシェードは、同じカポエイラのメイアルーアジコンパッソで対抗！ 伝説の暗黒カラテ蹴りの応酬、予測不能なイクサの決着や如何に！？ 果たしてニンジャスレイヤーは、ミラーシェード、さらにサラマンダーをも下し、 ユカノを助けだすことができるのか！