中学1年生の桜山凱斗が、相棒の飼い犬・コースケと伏城市（ふしぎし）に現れた「怪盗スカル」を捕まえようと奮闘する。赤い帽子にまつわる怪事件、黒板に書かれた謎の暗号。さまざまな謎を追い続ける凱斗とコースケの前に怪盗スカルが現れる。その正体とは？