『少年エース』連載の、吉崎観音原作のコミックに基づく居候系SFギャグ・アニメの第3シーズン。西暦2006年、本気になったケロン軍本部より、半年以内に地球を侵略せよという命令を受けたケロロ小隊の必死の日常が始まる。