幼少の頃から追い求めた少女・アリスとついに再会したユージオ。しかし、そのアリスに、昔の──≪ルーリッドの村≫時代の面影は無かった。禁忌目録を破ったキリトとユージオを捕らえるために来たというアリス。　彼女に幼少の記憶は無く、そして自身を≪整合騎士≫と名乗った。　≪公理教会≫の象徴≪セントラル・カセドラル≫の地下牢に繋がれたキリトとユージオだが、キリトの機転でどうにか脱出を果たす。キリトが≪外部≫の人間であることを見抜いた謎の少女・カーディナルの助けをかり、二人はアリスを≪本当の姿≫に戻すため、塔の頂点を目指す！　しかし、≪シンセサイズの秘儀≫により生まれた最強の戦士たちが、キリトとユージオの前に立ちはだかる──！