長崎取材中のライター松本が失踪、代理を命じられた神山は同地に飛んだ。松本の足取りを追った神山は、ＮＡＧＡＳＡＫＩクラブという謎の歴史研究グループ五人組に出会う。彼らは、幕末の貿易商グラバーが日本で初めて走らせた蒸気機関車を、英国の植民地化計画の端緒と見た坂本龍馬が破壊したという説を唱えていた。やがてメンバーの一人の死体が京都の疎水で発見され、協力を依頼された警視庁の十津川は捜査を開始。事件の背後に明治一五〇年を期した歴史論争と、黒い野望が渦巻いていることを掴むが…。