長崎へ遊びに来ていた雄太たちは、長崎電気軌道や島原鉄道の制覇した後、特急『白いかもめ』に乗り込み、途中で特急『ゆふいんの森』に乗り換えて由布院に！観光列車の旅を楽しんでいたんだけど、知り合ったおじさんが突然車内で行方不明に！？四両編成の車内は、走る密室だというのにどこにも見当たらない。それには、とんでもない事態が待ち受けていた…！Ｔ３初の大事件発生！？小学中級から。