12歳のときに事故で両親を亡くした主人公の梨花。 その後親戚中をたらい回しにされ、各家庭で「厄介者」として不遇な扱いを受けていた。 ある日、祖父の古い友人だという百鬼(なきり)に引きとられ、 百鬼が東京の神楽坂で経営する『百鬼あやかし診療所』でお手伝いをすることにーー。 不思議な診療所を舞台に巻き起こる人間とあやかしのほのかな恋愛物語。