楽しかった夏休みが終わり、コーディたちスパイ暗号クラブのメンバー、おジャマじゃマット、テキサスから引っこしてきた双子たちは、そろって中学生になった。 バークレー中学には、新しい先生ミス・ブレッチリーが着任していた。彼女はジャーナリズムの先生だ。コーディはその先生のもとで、事件の調査と報道について学ぶことになった。 そんなある日、コーディたちのもとに暗号の手紙が送られてくる。内容は「学校の経費が何者かに盗まれている」という告発だった。 スパイ暗号クラブのメンバーは、さっそく学校内で調査を開始するが、やがて事件は、FBIが潜入調査に乗りだすほどの大事件であることがわかってくる。 はたして、犯人は誰なのか？　そして、コーディに告発の手紙を送ったのは誰なのか？　そしてその目的とはーー！？ スパイ暗号クラブ規則／登場人物紹介／暗号解読表／地図 第1章　不穏な新学期！？／第2章　匿名の手紙／第3章　第二のメッセージ／第4章　誰の指紋？／第5章　黄金虫／第6章　謎、また謎……／第7章　指紋採取大作戦／第8章　内部告発者／第9章　大ピンチ！／第10章　先生はどこ！？／第11章　マットは語る／第12章　実践！　パルクール／第13章　夜の引っこし 暗号の解答編／スパイ暗号クラブ2　用語解説