ハリー・ポッターは13歳の夏休み、恐ろしい監獄アズカバンから、凶悪犯が脱獄したというニュースを聞く。その頃、ハリーは禁じられた魔法を使ってしまい、ダーズリー家を飛び出した。夜の街をさまようハリーを見つめるのは、闇に光る黄色い目。新学期のホグワーツ魔法魔術学校では、アズカバンの看守、吸魂鬼（ディメンター）たちがうろつく。そして、脱獄犯が学校に押し入った！？　ハリーはふとしたことから、両親を死に追いやったたのが、その脱獄犯だと知る。