戦姫たちの攻撃で壊滅状態に陥った日本。そんな中で唯一健在だった都市「ビゲートピア」にたどり着いた静矢だったが、多国籍軍の攻撃によりビゲートピアも壊滅してしまう。安住の地を得るため、静矢は一度故郷に戻るが、何の因果か敵であるルシャナと共闘することとなる。戦姫たちの目的はいったい？すべての謎がいま明らかに。