1866年、大西洋に謎の巨大生物が出現した。アメリカ海軍の要請により、アロナックス教授は、召使のコンセイユとともに怪物を追跡する船に乗り込んだ。順調な航海もつかの間、思わぬ事態が襲いかかる……。