SOS団なる謎の集団を勝手に結成した涼宮ハルヒの暴走はまだまだ止まらない。《閉鎖空間》発生による世界消滅の危機が回避されたのも束の間、今度は草野球大会に出場してSOS団の名を広めようとするのだが…。