魔法を使える人間“魔法士”が国家財産として保護されている世界。魔法士のエリート機関「内閣府特別対策局」に所属する椎葉十郎は、とある事情で魔法士育成校へ教官として派遣されるが、そこで出会った少女・雛咲月子の扱いに四苦八苦する。そんな中、反魔法主義を掲げるテロ組織が学校を襲撃！十郎は生徒たちを守り切ることができるか。