身体の機械化が社会的ステータスに直結する時代。 元機甲幽霊部隊員・アイゼンは、違法に造られた機械人形の少女・アプフェルと出会うーー。 その姿に、過去に関わった母娘の姿を重ね合わせたアイゼンは、アプフェルを守るべく、逃亡を決意する。 一方、脊髄中央局より違法人形の確保を依頼された機甲幽霊部隊は、アイゼンたちを追駆するがーーー。 「人間として生きたい」機械少女アプフェルを巡る、完全機人たちの壮絶な戦いが始まる‼