《マザーシステム》暴走によるシティ・神戸崩壊から3ヶ月。 　北米のシティ・マサチューセッツは、簡易型の《魔法士》量産に成功した研究機関《ウィザーズ・ブレイン・ファクトリー》と軍の、奇妙な共同統治下にあった。 　《ファクトリー》の《魔法士》ディーは、破壊活動を行う遠距離攻撃型魔法士《光使い》を追ううち、一人の《魔法士》と出会う。 　その男こそ、かつて最強と謳われた《黒衣の騎士》、黒沢祐一だった……。