衝撃の敗北！ 立ち上がれ、エックス！ 攻勢に出るフレア団！ 伝説のポケモン・ゼルネアスが姿を変えた「大樹」も、ジムリーダー・コルニのキーストーンも、フレア団の手に落ちてしまう！ 追い込まれたエックスたちは敵本拠地へ乗り込むことに…!!