怪獣省の予報官・岩戸正美は、予報班のエースとして活躍していたが、岩戸をもってしても不可解な事件が発生することがある。本作では、岩戸が搭乗する飛行機で殺人事件が発生、混乱の中、飛行怪獣が姿を現す。無事に着陸できるのか？　また別日にはロシアに現れた二種の怪獣が兵器庫を襲い、一種が核をのみ込んで日本に向かっているという。妨害を乗り越え、怪獣を特定できるのか？　『殲滅特区の静寂』に続く、シリーズ第二弾！