非侵襲的脳機能測定法やニューラルネットワークなどの解析法の発展により、高次認知機能を担う脳の研究が展開されるようになった。第2巻では多様な側面から実体としての脳に迫り、「認知神経科学」の範疇に収まらない、「脳」の包括的理解を志向する認知科学が確立されつつあることを示す。 序　認知科学における「脳」研究の来し方行く末（川合伸幸） 第1章　知覚の神経基盤（楊嘉楽・山口真美） 　1　認知神経科学とその方法　 　2　視覚　 　3　体性感覚　 　4　多感覚知覚 第2章　恐怖学習と脅威検出の神経機構（川合伸幸） 　1　はじめに 　2　恐怖の中枢としての扁桃体 　3　恐怖の学習と扁桃体　 　4　恐怖条件づけにおける扁桃体の役割 　5　脅威に対する防御反応と恐怖の違い 　6　生得的な脅威対象と経験による脅威対象 　7　扁桃体へ至る低次経路と高次経路　 　8　視覚の低次経路　網膜─上丘─視床枕─扁桃体　 　9　脅威対象の迅速な検出　 　10　ヘビ認識の神経機構　 　11　おわりに──ティンバーゲンの四つの問いとマーの三つのレベルの説明 第3章　深層学習による脳機能の解明（林 隆介） 　1　はじめに 　2　脳の視覚物体認識処理 　3　脳モデルとしての深層ニューラルネットワーク 　4　脳とDCN の違い──教師あり学習モデルの限界 　5　教師なし学習モデルの発展　 　6　自己教師あり学習手法　 　7　生成モデルを用いた教師なし学習手法 　8　対照学習に基づく教師なし学習 　9　おわりに　 第4章　脳と社会的認知（平井真洋） 　1　社会脳仮説と脳の設計原理 　2　社会的知覚処理に特化した経路　 　3　他者の表層に顕在化するセンシング可能な情報の処理 　4　他者の心的な情報の処理　 　5　社会性のスペクトラムからヒトの社会性をとらえ直す 　6　特定の集団の比較から見えてくるヒト社会性の輪郭 　7　おわりに 第5章　脳─環境─認知の円環に潜む人類進化の志向的駆動力 　　　　　──三元ニッチ構築の相転移（入來篤史・山崎由美子） 　1　人類進化の駆動力とその作用 　2　三元ニッチ構築第1相　 　3　三元ニッチ構築第2相　 　4　人間性のゆえん　 　5　人類の脳／認知進化が包摂するパラドックス 第6章　意識の神経基盤──クオリア構造と情報構造の関係性を圏論的に理解する（土谷尚嗣） 　1　歴史的背景　 　2　現在の意識研究の主な方向性 　3　クオリアどうしの関係性からクオリアを特徴づける──米田の補題 　4　クオリアと報告の関係性は「随伴」ととらえられるか　 　5　まとめ 　6　今後の展望──クオリア構造・情報構造・その間の関係性　 第7章　心の自然化（鈴木貴之） 　1　哲学的自然主義 　2　志向性の自然化 　3　意識の自然化 　4　自然主義的な認知の理論 　5　まとめ