『がらくた屋ふしぎ堂』は、ちょっと変わった不思議なお店。小学六年生のリトは友達のルカと一緒に『神商品』と呼ばれるお宝を探すため、毎日のように店に通っていた。そんなある日、クラスメイトのアンが行方不明になる。リトは事件真相にせまるため、ふしぎ堂の『蔵』にある『ヒミツの扉』の力を借りてーー?？