西暦２０ＸＸ年４月、尖閣諸島沖で対峙する中国海軍のフリゲートと海自ＤＤＨいせに「帝国海軍の作戦部隊」からモールス信号が発信された。それは太平洋戦争末期、沖縄への特攻作戦・菊水作戦に従事して撃沈された、戦艦大和を旗艦とする艦隊からのメッセージだった…。突如現れた大和艦隊に砲撃を加えた中国軍は、大和からの反撃で一旦退避するが、潜水艦による急雷攻撃で大和は大爆発を起こした。しかし、東シナ海の中央部に再度現れた大和艦隊の攻撃で中国艦隊は壊滅する。追い詰められた中国は、核弾頭搭載の対艦弾道ミサイルで再び大和艦隊を葬った。そして今、大和が上海沖に三度目の姿を現した…。