男女の性別とは別に、α・β・Ωという三つのバース性が存在する世界。βは男女で、αはΩを孕ませることで生殖を行なう。αのようにたくましい体つきと優秀な頭脳を持ち、 β男性のように女性しか愛せない少年、畑仲翔に下された診断は、Ωだった。ショックを隠せない彼に追い打ちをかけるように、翔はその日、『運命の番』に出会ってしまう。けれど、運命の相手に抱かれ孕まされることを恐れた翔は、『運命の番』から逃げ出し、全寮制の椿山学園に引きこもることにした。学園には、お互いのバース性をわからなくする特殊なシステムがある。ここにいる限りは安全ーーそう考え、自分はαだと偽って生きる翔の前に、 『運命の番』を探しているというα・宮本雄大が現れ……