全長２メートルの人型宇宙戦艦に変身し、正体を隠して戦う高校生、隼人。時と場所を同じくして、隼人と同様に宇宙の敵・メガナイクスへと立ち向かう少女がいた。それは、謎の美青年アシクに見守られた少女、睦美。二人は手を組み、自分たちの町と大切な人を守るため、最終決戦に臨むー。白銀の戦艦と、黒鉄の海賊船、２つの物語がここに終結する。