ロンドンでブラウンさん一家と暮らしているパディントンのもとに、故郷ペルーから1通の手紙が届きます。育ての親のルーシーおばさんの元気がないというのです。そこで、パディントンとブラウンさん一家はペルーへ向かいます。ところが着いてみると、ルーシーおばさんは行方不明になっていました。家族旅行は、一転、おばさんを探すための冒険旅行に変わります。アマゾン川をさかのぼる旅で、次々と遭遇する大ピンチ。パディントンと家族の絆が試されます。