遊辺高校の新入生・中里蓮（なかざと・れん）は、12年前に校内で起きた神隠し事件を解明するため超常（オカルト）を調査する“頂上探究部”を訪れた。 しかし、3人のそりの合わない同級生とともに、超常的な力によって部室に閉じ込められてしまう。 この学校の七不思議をすべて解き明かさなくては、永劫にそこに囚われるーー そんな警告文に続いて現れたのは、弾き手のいない三味線、鬼の造った階段、生徒を喰らうオオカミなどの、本物の超常現象。 謎解き好きの少女・垣木紫苑（かきのき・しおん）から助手役に指名された中里は、彼女の乱暴な推理を助けながら、ありがちに思えた七不思議の裏に秘された学園の真の姿に迫っていく。 誰にでも公平であろうとする少年と、誰かの特別になりたかった少女のための青春ミステリ！