失踪した仲間・ヴァニーを捜す長い旅がついに決着し、「クィン・ザザ」メンバーは本格的に損壊した船の再建に乗り出す。新米技術者・ネネッタと船員・ヒーロの奮闘により、ついに新生「クィン・ザザ」号の設計図が完成する。しかし、船の完成に必要な二つ目の「龍の震臓」は、非常に希少で高価なレアアイテム。手に入れるための方策が思いつかず、頭を悩ますメンバー達に、船長代理・クロッコが提示した「一つの心当たり」とはーー。「未来」への旅立ちの鍵は「過去」にある！　時を超えた再会が、ミカ達を待つ！