琵琶湖の多様な動植物の起源について、最新の分子遺伝学研究や現生の動植物や化石等の第一線の専門家により、古琵琶湖や琵琶湖の現在までの環境変遷も含めて明らかにしようと試みた一冊。巻末にはDNA解析から推定した固有種の分岐年代なども掲載。 1章 琵琶湖の生物多様性をめぐる歴史と環境 1-1　琵琶湖の固有魚類の研究史：江戸時代から20世紀初頭まで 滝川祐子 1-2　琵琶湖の生物多様性の由来と環境変動　　西野麻知子 2章 琵琶湖の魚類と貝類の進化史 2-1 琵琶湖の淡水魚ルーツ解明のための覚書 　細谷和海 　 2-2　 琵琶湖の固有魚類の進化：遺伝子からのアプローチ 渡辺勝敏 　 2-3 琵琶湖のフナとコイがきた道　 中島経夫 2-4　琵琶湖に生息するカワニナ類の進化　 三浦　収 column-DNAを用いた分子系統解析について　 齊藤　匠 2-5 琵琶湖産巻貝類の多様性と起源　 齊藤　匠　・平野尚浩 2-6　琵琶湖産イシガイ類の由来　 近藤高貴・佐野　勲 2-7 琵琶湖産貝類の成り立ちをさぐる化石たち 松岡敬二 3章 琵琶湖の生物にとっての深底部と沖合 3-1　琵琶湖深底部に生息する生物　　西野麻知子・井上栄壮 3-2　琵琶湖深底部の水生貧毛類　　大高明史 3-3　琵琶湖沖合を回遊する魚たちの生活史の多様性　　藤岡康弘 4章 新たに進化しつつある琵琶湖の生物 4-1　湖岸に生育する海浜植物の謎　　大槻達郎 4-2　琵琶湖のカゲロウ類の特徴：卵の表面構造の地域間比較　石綿進一 4-3　琵琶湖産シロタニガワカゲロウの生い立ち　　金子裕明・高村岳樹 4-4　琵琶湖における広域分布種マルヒラタドロムシの遺伝的分化　　今藤夏子 5章 世界および日本の淡水生物からみた琵琶湖の生物相の特性 5-1　琵琶湖の水草相とその由来　　角野康郎 5-2　ヨコエビ類からみた琵琶湖の生物地理　　　富川　光 5-3　トビケラ類からみた琵琶湖　　　谷田一三・上西　実 5-4　コケムシ類からみた琵琶湖の生物地理　　　広瀬雅人 5-5　琵琶湖の水族寄生虫相に関する覚書　　長澤和也