ごく平凡な高校生の隼人は、幼なじみの香奈美と帰宅中謎めいた事件に見舞われ、その後奇妙な幻の女性を見るようになる。りりしい軍服に身を包んだ彼女はなんと、隼人の中にいるミクロ生命体であり、しかも宇宙戦艦の艦長だという。隼人は極小の宇宙戦士を体内に収めた、全長２メートルの宇宙戦艦となってしまったのだ。襲いくる宇宙の敵から香奈美を守るため、ご町内を舞台に戦艦ハヤトが戦う。