人気アニメ・シリーズの第2期。“リュンカ事件”から1ヵ月。宇宙連邦捜査官のバーディーと高校生の千川つとむは相変わらずの“二心同体”生活を送っていた。そんなある日、リュンカ事件の首謀者を逮捕するという使命が下されて……。