人見知りの魔術探偵・遊形花菱とともに、三代目の行方を追うことにした晃路。だが停学明けの朝、寝起きの視界に入ってきたのは見知らぬ部屋と自分を無言でみつめる妹・まつるの顔だった！？「今日から兄様も、ここで暮らすことになりますので」「なんでッ！？」まつるの兄欠乏症とやらを癒すため、延々つきあわされる晃路。そんな矢先、図書委員の一人が魔導書「万物の書」と姿を消す事件が発生し、調査していた魔窟ギルドのリーダー・犬神群真までが音信不通となる。晃路は花菱とともに調査を開始するが、それは学園の存亡に関わる事件の始まりに過ぎなかった！学園魔術アクション第二弾登場！