本性を現しつつあるシロウ神父の指揮のもと、全面対決の構えとなった赤の陣営。そして、ユグドミレニアの野望のため、それを迎え撃つ黒の陣営。激化していく戦闘の中に戻っていく聖女とホムンクルスは……。