宇宙を航行中の惑星探査船ジュール＝ベルヌは、漂流船を発見する。クルーの三四郎とカイが、内部の探索を開始するが、謎のメッセージを残し、漂流船は爆発してしまう。疑念を抱きつつも、日常の仕事に戻るクルー達。そんな中、三四郎はただ一人、不審な動きをとりはじめる…。謎のメッセージは何を意味するのか。ジュール＝ベルヌに最大の危機が訪れようとしていた。