本書に収録した水生植物は、日本に帰化した水草を含めた自生種を主としているが、栽培種も若干含めた。種の配列は、種子植物、シダ植物と若干のコケ植物の順で、各植物門のなかの配列はほぼエングラーの分類体系に従っている。