１０年前、突如人類を襲った謎の異世界生命体“Ｄ”。それと戦うべく、国連空軍に所属する少年・カナタは、アビオ・スケルトンという人型飛行兵器に乗って訓練する日々が続いていた。そんな中、ある日カナタの通う中学に、災厄の魔女と呼ばれる少女・葉月が転校してくる。だがカナタはその純真な心で、彼女の凍てついた心を少しずつ溶かしていくー。