月へと逃亡したジブリールを討ち果たしたデュランダルは、争いなき世界の構築を掲げ、デスティニープランを発表する。だが、それは遺伝子特性に従って人類を管理・淘汰する、自由なき社会への幕開けであった。失われゆく未来を目前に、キラとアスランは最後の戦いへと臨む。一方、運命に翻弄され続けてきたシンが行着く先とは、果たして―人気アニメの小説化第５弾完結編。