薫の父を探して辿り着いた函館で、左之助と再会。 そこで、函館山に立てこもる剣客兵器と斉藤一がぶつかり 斉藤が負傷したことを知る。 剣心は剣客兵器の凍座と対面し、 全面戦闘に突入することを知る。 剣客兵器の猛者達とどう闘うのか？ 頑張れ、剣心。(^^;

戦死したと思われていた薫の父・越路郎は生きていた!? 越路郎を探すため剣心一家と明日郎・阿爛・旭の六人は北海道・函館に向かう。かつて戦地だった函館は、今はもう平穏を取り戻したかに見えたが、異変は函館山で起きていた! 北の大地で、友と思いがけない再会を果たした剣心は、再び闘いの中へ身を投じることに…!!