惑星に堕ち、朽ち果ててしまった９９９。この先９９９は復活するのか？

松本零士の漫画家活動50周年記念作品に基づくアニメ化シリーズの特別編。宇宙空間を走る銀河鉄道のレール上に幻想空間が現われ、怪事件が勃発。そんななか、忘却の惑星から999号の救難信号が届き、精鋭部隊が出動する……。