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近未来の危機管理を鋭く描いた劇場版アニメの第2作。2002年の横浜に謎のミサイルが投下されるが、情報操作によって自衛隊と警視庁は対立を深めてしまう。そんな中、事態収拾のために特車2課が再び結集されて……。