多少映画のセリフと違うところもありましたが全体として映画を網羅しています。

大人気劇場版アニメがコミックで読める！ タソガレドキ忍者・諸泉尊奈門との決闘の後、行方不明となった土井先生。山田先生と六年生が捜索を始める中、担任不在の一年は組では、タソガレドキ忍軍の忍び組頭・雑渡昆奈門と、尊奈門が教壇に立つことに！　そんな中、きり丸は偶然、土井先生が置かれた状況を知ってしまう。一方、土井先生捜索中の六年生の前にドクタケ忍者隊の軍師・天鬼が現れる。その顔は土井先生と瓜二つでーー