東京での怪獣を撃破できて一件落着と思ったのも束の間・・・ さらに強烈な脅威が迫っています！！ 怪獣自衛隊を応援しています。

怪獣は現れたが、ヒーローはいない。人類は己の力のみで平和を勝ち取る事ができるかーー!?　米国の失態を盾に、日本主導で怪獣対策を進める星山。深海調査に向かった大和たちはマリアナ海溝の底で巨大な穴を発見。そこから現れたのは、衝撃波を駆使する規格外の新怪獣……!!