前回からの大イクサ、ニンジャスレイヤーとダークドメインその優劣はダークドメイン＝サンが圧倒していた。ついに炸裂するカイシャクのアンタイ大剣だったが、とっさのスリケンが大剣を押し戻し猛反撃。やはり聖なるヌンチャクは強いぞ。サヨナラ爆発四散。そんななか思うのはシルバーキーとタカギ・ガンドー二人のことだった。

ニンジャスレイヤーとダークドメインのイクサ、その趨勢はダークドメインに傾きつつあった。 ニンジャスレイヤー目掛け振り下ろされるカイシャクのアンタイ大剣。 ニンジャスレイヤーも最早ここまで！　と誰もが思った時、スリケンが大剣を押し戻した。 そこから始まるニンジャスレイヤーの猛反撃。聖なるヌンチャクの無慈悲な連続打擲の前に、 ついにダークドメインは爆発四散するのであった。 大イクサを終え、その場を離れるニンジャスレイヤー。 だが彼の胸中を占めるのは数々の謎と仲間である二人、シルバーキーとタカギ・ガンドーの安否だった。 そして舞台はキョートに移る。 琵琶湖に沈みゆく男の影……。その影こそ他ならぬガンドーだった。 水底に沈むガンドーの思考は入り乱れ、とある過去の事件へと流れていく。 かつての助手、シキベ・タカコ、怪盗スズキ・キヨシ、その怪盗の捜索を依頼してきた正体不明の富豪……。 この過去の事件がガンドーにもたらしたものとは？　何故、今、琵琶湖に沈みつつあるのか？？ ガンドーの死はニンジャスレイヤーの復讐劇に如何なる影響をもたらすのか？？？