いつも通りのケロロのへっぽこぶりに心が和みます。

謎の海域“デビルズ・シー”にあらわれた“怪物”を解明しようとする冬樹とケロロたちだったが、未知の生物が夏美を海へとさらっていってしまった！　その後を追った深海の奥深くにあったものとは…！？