今回の漫画は、「超劇場版ケロロ軍曹２深海のプリンセス であります！」を漫画化したものです。

謎の海域“デビルズ・シー”にあらわれた“怪物”を解明しようとする冬樹とケロロたちだったが、未知の生物が夏美を海へとさらっていってしまった！　その後を追った深海の奥深くにあったものとは…！？